Die meisten Batak gehören der protestantischen Kirche an. Daher sieht man fast in jedem Dorf auch eine Kirche. Die Rheinische Mission entsandte 1861 den Missionar Ingwer Ludwig Nommensen nach Sumatra, der 1881 als erster Europäer zum Toba-See kam. Heute ist die Toba-Batak-Kirche (H.K.B.P. = Huria Kristen Batak Protestan) mit ca. 2,5 Millionen Gliedern die größte evangelische Kirche in den südöstasiatischen Ländern.